課程內容

1

R語言介紹、軟體安裝、介面介紹、基本功能操作

2

Metagenomic sequencing 數據介紹、數據導入、功能包安裝、數據整理

3

Venn diagram + Alpha diversity計算 (Richness and evenness)

4

Alpha diversity作圖 + 練習

5

Beta-diversity : Relative abundance calculation + matrix計算( Phylogenic and non-phylogenetic matrices)

6

Beta-diversity: NMDS and PCoA

7

Taxonomic profile : Group relative abundance calculation

8

Taxonomic profile圖製作: Barplot, pieplot, heatmap, areaplot, barchart

10

Differential abundance test: 使用Ancombc2計算

11

Differential abundance test: 作圖 (Grid plot和平行長條圖)

12

Correlation analysis: Calculation + 作圖

13

統計分析方法: 如何判斷用ANOVA or non-ANOVA統計分析

圖表加上統計結果

14

Functional profile: KEGG資料整理

15

Functional profile: KEGG統計分析( Masslin2 + random forest)+作圖

16

Muti-omics analysis 多體學分析

17

Muti-omics analysis 多體學分析